Stórar og miklar jökulár eru eitt mikilfenglegasta náttúrufyrirbrigði Vatnajökulsþjóðgarðs. Þær eiga upptök sín í jöklum þjóðgarðsins, flestar í sjálfum Vatnajökli, og oft er sagt að þær komi „undan jöklum“. Vatnið í jökulánum verður til þegar jökulís og snjór á jökli bráðnar og rennur ofan á, inni í og undir jöklinum.

Jökulár bera með sér sand, möl og fíngerðan svifaur sem veldur því að þær eru gruggugar og yfirleitt brúnleitar eða jafnvel mórauðar á litinn. Efnið sem jökulárnar flytja með sér sest til þegar fjær dregur jöklinum og mynda sanda sem þær renna um. Jökulár geta grafið mikilfengleg gljúfur og farvegi í landið.

Vegna þess að jökulár eru bræðsluvatn jökla er mismikið vatn í þeim eftir veðri og lofthita. Rennslið er lítið á veturna en mikið á sumrin þegar sólin skín glatt og heitt er í veðri. Þær eru líka vatnsminni á morgnana eftir kaldar nætur, en stækka eftir því sem líður á daginn og hitastigið eykst, sérstaklega á sólríkum og heitum dögum. Miklar sveiflur í rennsli eru því eitt einkenni jökuláa, bæði eftir tíma dags og eftir árstíðum og veðri.

Frá Vatnajökli renna fjölmargar jökulár bæði stórar og smáar. Ein sú mesta og þekktasta er Jökulsá á Fjöllum sem rennur til norðurs meðfram Ódáðahrauni og niður hin miklu Jökulsárgljúfur um marga fossa eins og Dettifoss. Annað fljót ekki langt frá heitir Skjálfandafljót og það er líka þekkt fyrir stóra og mikla fossa, sá þekktasti heitir Goðafoss.

Til vesturs frá Vatnajökli renna Kaldakvísl og Tungnaá sem sameinast Þjórsá. Sunnar rennur Skaftá, en í hana koma stundum stór og mikil jökulhlaupJökulhlaup eru risastór flóð sem verða þegar jökulár vaxa skyndilega, oft vegna eldgosa undir jökli en líka þegar jökullón tæmast eða vegna jarðhita sem bræðir jökulís., svokölluð Skaftárhlaup. Þá vex Skaftá margfalt og verður að beljandi stórfljóti sem grefur oft í sundur vegi og eyðileggur jafnvel brýr.

Suður úr Vatnajökli renna mörg fljót niður jökulsanda eins og Skeiðarársand og Breiðamerkursand. Eitt stærsta fljótið þar kemur úr Jökulsárlóni og heitir Jökulsá á Breiðamerkursandi en hún er örstutt, bara nokkur hundruð metra löng frá lóninu og út í sjó. Lengra til austurs skríða fjölmargir bæði litlir og stórir skriðjöklar úr Vatnajökli og renna jökulár úr hverjum og einum þeirra til sjávar. Þekktustu fljótin af þeim eru Hornafjarðarfljót og Jökulsá í Lóni.

Úr norðausturhluta Vatnajökuls renna tvö stórfljót, Jökulsá í Fljótsdal og Jökla en þær hafa báðar verið virkjaðar og renna núna að mestu um Kárahnjúkavirkjun út í Lagarfljót.