Vatnajökull er þekktur fyrir eldgos undir jöklinum. Undir jöklinum liggja stór eldfjöll sem við köllum megineldstöðvar. Stærstar þeirra liggja undir miðjum jöklinum og heita Bárðarbunga og Grímsvötn, en þær eru ein af virkustu og mikilfenglegustu eldfjöllum Íslands. Í norðurjaðri Vatnajökuls liggja Kverkfjöll en þau eru þekkt fyrir ákaflega litríkt og fallegt jarðhitasvæði. Mjög öflugt og virkt jarðhitasvæði finnst líka undir jöklinum í Grímsvötnum.

Í suðurhluta Vatnajökuls er eitt mesta eldfjall landsins, Öræfajökull, og blasir hann í góðu veðri við vegfarendum sem keyra frá Mýrdalsandi austur að Höfn í Hornafirði. Öræfajökull gýs sjaldan, síðast fyrir 300 árum, en þegar hann gýs eru eldgosin mjög mikil og yfirleitt hættuleg. Öræfajökull er hæsta fjall Íslands og heitir allrahæsti tindur hans Hvannadalshnjúkur, um 2110 metrar á hæð.

Þegar gýs undir jökli í þessum stóru eldfjöllum bráðnar jökulísinn ofan við eldfjallið og stór jökulhlaupJökulhlaup eru risastór flóð sem verða þegar jökulár vaxa skyndilega, oft vegna eldgosa undir jökli en líka þegar jökullón tæmast eða vegna jarðhita sem bræðir mikið af jökulís. brjótast undan jökulsporðinum og falla niður að sjó. Þau geta verið mjög hættuleg og eyðileggja vegi og brýr en oftast geta jarðvísindamenn spáð fyrir um hlaupin og gefið út viðvörun svo enginn slasist í hamförunum.