Fjölbreytni í vistkerfum er hluti af líffræðilegri fjölbreytni.

Lífverur Jarðar lifa ekki allar við sömu skilyrði eða á sömu svæðum. Hvert svæði hefur sína eiginleika sem henta mismunandi lífverum. Lífverur sem búa í heitum frumskógum Amazon eða Saharaeyðimörkinni myndu ekki dafna á Íslandi, og öfugt. Á sama hátt komast lífverur úthafanna ekki af á þurrlendi. Þannig skapar hvert svæði og hver afkimi Jarðar sinn sérstaka heim með lífverum sem líður vel í sínu umhverfi. Lífverur og umhverfi hvers svæðis mynda afmarkaða heild sem við köllum vistkerfi. Vistkerfin geta bæði verið víðfeðm sem og agnarsmá.

Fjölbreytni vistkerfa felur í sér tækifæri og valmöguleika fyrir lífverur til að þróast, sérhæfa sig, finna ný svæði til að lifa á og dafna á nýjan og jafnvel óvæntan hátt. Ef vistkerfi eyðileggst eða er ekki til staðar lengur vegna breytinga minnka valmöguleikar fyrir þær lífverur sem áður lifðu á viðkomandi svæði.